Eminent professeur de religion et d'archéologie, Cal Donovan est réveillé en pleine nuit par Samia, l'une de ses anciennes étudiantes devenue conservatrice d'un musée au Caire. Elle est poursuivie par des tueurs après avoir découvert un fragment de papyrus comportant trois phrases inconnues de l'Evangile de Marie-Madeleine. Pendant ce temps, au Vatican, le nouveau pape défie la tradition.